第三，朱元璋、朱棣时期，削弱相权转为强化内阁，也增强了宦官的权力。
在皇权专制体制下，皇权是专制政权的最高代表，而宰相是整个官僚群体的代表，皇权在行使其自上而下的管理权力，而其专制的特点必然引发其与整个的官僚机构的矛盾，皇帝要掌握要更多的实权，百官的权力就必然受到削弱，如此一来，统治结构中，皇权与作为百官权力代表的相权，自然就产生了矛盾，而且矛盾经常会激化。皇帝与百官发生冲突时，宰相处于首当其冲的地位，很自然的，皇帝便要想方设法削弱相权，以强化皇权专制统治。所以，强势的皇帝往往先拿宰相开刀，因为去相权方能巩固皇权。
朱棣画像
可是，以宰相为代表的官僚机构建立之后，因为其长期的运行会有相对的稳定性，宰相管理朝政形成了一种成熟的管理机制，作为百官之首的宰相，拥有相对独立的权力，遇到皇帝要削弱权力，自然是不愿意的，相权本来就对皇权具有一定的制约性，宰相是不会自己放下权力的，于是，皇帝与宰相的矛盾就激化了，这不仅仅是皇帝与宰相个人之间的矛盾，而是代表着皇权与百官的矛盾，所以，矛盾斗争的结果，往往影响非常大。
明初，朱元璋削除相权便是一个非常典型的例子，而胡惟庸是当时历史事件中代表被铲除的一方的主角。洪武六年（1373年），胡惟庸得到李善长的推荐，并得到朱元璋的批准，任右丞相，开始掌有相权，而李善长不是一般的人物，而是明朝淮西朋党集团的领袖，又是胡惟庸的同乡和姻亲，胡惟庸能获得李善长的支持，表明他在朝中的影响力不容小觑。洪武十年（1377年）九月，胡惟庸升任左丞相，掌控丞相府的权力，时间长达七年。任期时间长，使得胡惟庸有机会在朝中大肆培植朋党，竭力打击异己，因而，淮西朋党集团的势力也不断膨胀。如此一来，相权在朝中达到了前所未有的强势程度，左相胡惟庸独断专行，后来竟到了对皇权视若不见的程度。胡惟庸有李善长为首的强势的淮西朋党集团作后盾，使得他在政务、财政、任免、赏罚等重大问题上，常常不将决策建议上呈皇帝决断，自个儿就独立处理了，这对于胡惟庸来说，是维护相权的强势状态，是相权显赫的标志，也是作为左丞相的荣耀。
可是，问题来了，明朝强势的开国皇帝朱元璋对相权的不断膨胀能视若不见吗？对淮西朋党集团通过相权强化所表现出来的强势政治力量能一直容忍吗？
对于权力欲极强的朱元璋来说，绝对是不能容许对于专制皇权的挑战的，相权也好，淮西朋党集团也好，只要是威胁到皇权专制统治的，都是必须被铲除的。当朱元璋遇到了丞相专权、皇权旁落的极大危机时，他是不可能不出手的。对此，胡惟庸或因为权力欲太强，他没有意识到，或没有及时明白。
洪武十三年（1380）正月，危机爆发，事件的起因是，当时，胡惟庸称他府中旧宅井里涌出醴泉，他认为这是祥瑞之兆，于是，他很诚意地邀请朱元璋前往他府中观赏，朱元璋欣然接受，本来，这是臣子表忠心，皇帝体贴臣子的一件好事。然而，当朱元璋等走至西华门时，朱元璋身边的太监突然看到胡府上空尘土飞扬，这位太监担心胡惟庸府中藏有兵将，认为有杀气表露，于是，力劝朱元璋返回皇宫。
回宫之后，朱元璋借机出手，他传旨捉捕胡惟庸，并以胡惟庸“枉法诬贤”“蠹害政治”等罪名，当天便将其处死，胡惟庸的跟随者陈宁等也被处死。之后，朱元璋将“胡惟庸案”扩大，把淮西朋党集团的领袖李善长等开国功臣也牵涉进去了，据说，胡惟庸案株连极广，牵连致死者达三万余人。
历史上对“胡惟庸案”有不同的评价，有批评者认为，胡惟庸把持朝政，专横跋扈，并有淮西朋党集团的支持，有谋反之心，被铲除是必然的，也是他罪有应得，只是案件扩大化了，有失误之处；而另一种观点认为，说胡惟庸谋反缺乏事实根据，因为明代史籍中所载的关于“胡惟庸案”出现了不少的矛盾之处，表明胡惟庸谋反与事实不符。这一种观点认为，胡惟庸是专权擅政，但谋反之说极可能是朱元璋因对相权威胁而感到恐惧所编造的说辞，其目的是借机清除胡惟庸等，抑制淮西朋党集团对皇权的威胁，至于“胡惟庸案”的扩大化，完全是朱元璋在滥杀无辜。
其实，有一点是可以肯定的，朱元璋铲除胡惟庸等，就是为了解决皇权与相权的矛盾，是为了彻底废除了宰相制度，以强化皇权专制集权体制。事实上，朱元璋在办完“胡惟庸案”不久，便废除了中书省和丞相，将中书省之权归于六部。这其实是把最高决策权收归于皇帝，并且由皇帝来亲自掌管“六部”，“六部”官员直接对皇帝本人负责，自此，皇帝等于兼任了宰相职务。
废丞相，去相权，掌“六部”，这使皇权专制达到了高峰状态。朱元璋是以解除相权的方式来解决皇权与相权的矛盾，但这一种解决方式未必是一种好办法。缺乏宰相的辅佐，皇帝自己掌管“六部”，这便使皇帝陷于繁杂的事务中，因政事太多，会被累得精疲力尽，因为，也缺少精力和时间来对重大事项进行决策，这可谓是得不偿失。而且，由于失去了宰相的制衡，皇权专制体制很容易走向腐败。
撤销丞相不久，明太祖朱元璋便被繁杂的政务压得喘不过气，朱元璋在取消丞相的当年，便采取了补救措施。朱元璋任命几位老成儒者为“四辅官”，但是，这些老儒缺乏实际处事能力，在废相第二年，朱元璋又任用一些新进士和翰林学士，帮助处理文书工作，这便是内阁制度的萌芽期。后来，朱棣夺权后，在皇宫的东阁开辟了办公处，从翰林院挑选年轻官员作为秘书，而这些年轻官员便成了皇帝的心腹，朱棣让他们逐步参与议论政事，后来，有关立储、用人、赋税等重大国家事务也都让他们参议，渐渐的，这些学士们便有了一定的参议权，于是，内阁也就初步形成。朱高炽登基后，提高东阁学士的行政地位，阁权也随之增大。朱瞻基即位后，内阁制度的得到基本确立，内阁大学士政治地位又进一步得到提高，渐渐高于各部尚书。其中，内阁大学士政治地位高的一个重要表现便便是掌握了“票拟权”，即：全国各地报上来的各类奏章，在呈递皇帝批示之前，先送至内阁让大学士们先进行审阅，并在审阅后代皇帝拟好批答谕旨，而后将其贴在奏章上，再呈送皇帝裁决。表面上，这只是“票拟”，而实际上，这是“票拟批答”，内阁成员基本上是按自己的意愿来进行“票拟”的，这从本质上看是在替皇帝作判断，皇帝如觉得所你的“批答”可行，便会朱批下旨执行。这种“票拟批答”实际上是让内阁成员拥有了参与决策的权力。
嘉靖时期，内阁形成了首辅制，这标志着内阁制度发展到了成熟的阶段，内阁首辅虽没有宰相之名，但实际上已拥相当于宰相的权力。比如，万历年间，张居正、高拱作为内阁首辅，其权力甚至比宰相还大。万历年间，相权大大地反弹了，当时的皇权甚至还没有相权强大，相权明显地盖过了皇权。
值得注意的是，朱元璋在汉初铲除了胡惟庸的相权，其目的是加强皇权专制，而到了万历年间，其内阁首辅的权力并不比汉初丞相的权力小。这是朱元璋最不愿意看到了，朱元璋铲除了强权，但他的子孙们，却又以内阁首辅的方式，把朝中的权力给了大臣。张居正在朝中的权势，一点也不会输给胡惟庸，这局面，一定是大大的出乎朱元璋所料。
而且，内阁首辅的权力过大，所带来的后遗症也是非常严重的，朝臣的党争让朝政变得非常糟糕，皇帝长期不临朝听政，而阁僚们为争夺权力长期争斗、角逐，权臣们你死我活的斗争使明王朝内耗非常严重，大臣们根本就无心治理朝政，明朝越变得越来越腐败了，而宦官却乘机专权擅政，骄横跋扈。比如，万历十年张居正去世，由高拱执政时期的铁杆亲信张四维继任首辅，张四维便利用首辅的权力，借着明神宗朱翊钧对张居正的不满情绪，对张居正展开了疯狂报复，将张居正抄家，几乎灭族。此后，明神宗执政后期荒于政事，二十多年不再上朝，中央权力运转几乎停摆，而且，党争长期持续，宦官干政，导致朝政日益腐败，致使明朝逐渐走向衰亡。
