我先前提过，有关焦虑神经生理面向的多数讨论，会先描述自律神经系统的作用，以及透过自律神经系统产生的身体变化，然后会或明或暗地假定这问题已经被搞定了。我同意了解自律神经系统的功能，对于焦虑神经生理学的探究非常重要，但是我要指出为什么这个步骤本身并不恰当。焦虑这个反应在有机体身上是如此普遍而根本，因此它不能被化约地归因于某个特定的神经生理基础。我们在后续身心相关症状的讨论中会看到，焦虑总是涉及一组神经生理关系与“平衡”的复杂排列。因此在这节中，我们会从问题比较单纯的层次——有机体受威胁时的自律神经系统作用入手，然后再探讨有机体在环境中整体回应的复杂层次。葛斯汀提出了一项修正，对这个领域中的多数讨论颇富挑战：他在某次与我谈话时说道，“并没有所谓的‘特定’焦虑神经生理基础”；“只要有机体有反应，整个有机体都在反应。”当然，这段陈述并不表示交感神经活动的研究没有用——例如它可以被当成焦虑与恐惧的一个重要神经生理面向，但是这的确表示，这样的研究必须被置放在把有机体视为全体反应的整全观点下来对待。葛斯汀的观点也没有暗指有机体的某些反应，不会比其他反应更特殊化。例如，恐惧不论在神经生理和心理上，都比焦虑更为明确特定，因此只从交感神经活动的角度来描述恐惧的神经生理学，会比将同一过程用在焦虑上，谬误来得少些。我们稍后会说明，恐惧与焦虑的差别之一，就在于焦虑击中了有机体更为根本且投注的“层级”。再者，我必须提醒读者，有机体在威胁下的神经生理反应研究，虽然成效卓著（我们在本章剩余的篇幅中将尽力探讨），然而我们不知道的焦虑神经生理学知识仍有许多。
当有机体受到威胁时，身体变化便会发生，好让有机体能够对抗或逃离危险。这些变化是自律神经系统的效应。称它为“自律”，是因为我们相信它不受意识直接控制这是自律系统不同于其他神经系统——更直接受到意识控制的中枢（脑脊椎）系统之处。
近来已有研究证明，自律神经系统的有意识控制，比想象中更有可能做到。这点已得到洛克斐勒大学（Rockefeller University）的米勒（Neil Miller）以及布朗（Barbara Brown）的实验证明。然而，我并不相信这些实验否证了我们在此所做的基本描述。，而这个系统是身体进行情绪变化的媒介。它素有“身心桥梁”之喻。我们接下来会更仔细地讨论，自律神经系统又分成两个副系统，彼此互相对立或平衡地运作。副交感神经系统掌管消化、生长以及有机体其他“建构”（upbuilding）的功能。与这些活动相关的情感有舒适、享乐、放松等。交感神经系统则是加速心跳、提高血压、输送肾上腺素到血液，以及动员有机体能量以对抗或逃离危险等其他层面的媒介。与交感神经刺激的“一般性兴奋”相连结的情感，主要有愤怒、焦虑或恐惧等形式。
每个人在自己的焦虑或恐惧经验中，都知道自律神经系统的活动会诱发身体的变化。行人差点被一辆超速的计程车撞到时，会感到自己的心跳加速。在重要考试之前，应试的学生会紧张得非去小便不可。演讲者在重要演讲之前，也会奇怪地发现自己一点胃口都没有。
这些反应在原始人身上，最初显然是在保护他们免于野生动物和其他具体危险的袭击。在当代社会中，人们鲜少直接面对威胁，人们的焦虑主要与社会调适、疏离、竞争、成就等心理状态有关。但是因应威胁的机制维持不变。
这些现象以及其他许多焦虑与恐惧的肢体表达，很容易便能够与坎农“逃或打”（flight fight）的机制相连结。请参见坎农（Walter B.Cannon），《疼痛、饥饿、恐惧、忿怒下的身体变化》（Bodily Changes in Pain, Hunger, Fear and Rage, New York, 1927）第二版，以及《身体的智慧》（The Wisdom of the Body, New York, 1932）。心跳加速可注入更多血液到肌肉中，这是眼前打斗所不可或缺的。身体表层下的周边血管收缩，使血压升高以维持紧急情况所需要的动脉压力。这种周边血管的收缩是“吓得发白”这个俗语的生理面向。“冒冷汗”则是为了实际肌肉活动将流的热汗预作准备。此时身体可能会颤抖，体毛会竖起以逆转体温，并保护有机体免于周边血管收缩所造成的寒冷威胁。呼吸会加深或加快以确保氧气充分供给，这就是强烈兴奋下的“气喘吁吁”。眼睛的瞳孔扩张，好看清楚具威胁性的危险，所以会有“吓得瞪大双眼”的说法。肝脏释放出糖以提供打斗所需要的能量。某种物质被释放到血液中，以加速血液凝结，好让有机体不致受伤失血过多。
为了使有机体就定位应付紧急情况，消化活动暂停下来，因为所有可动用的血液都要供给骨骼肌肉。嘴巴会觉得干燥，因为唾液的流动减少了，此时胃液流动也告暂停。内生殖器的平滑肌产生收缩。用专门的术语说，此时膀胱与结肠有清空的倾向，这对释放有机体从事激烈活动，显然具有明显的功用。
