直到晚近几年，恐惧与焦虑的区别，在心理学的研究中还是被忽略的，或者基于这两种情感具有相同的神经生理基础，就把它们混为一谈。但是由于这个区辨的工作没有做好，以致我们对恐惧与焦虑的了解，也被混淆了。有机体在恐惧与焦虑下的反应极为不同，因为这些反应是发生在不同的人格心理层次上。
我们从对恐惧和焦虑下胃肠活动的研究，可以清楚看出这种差异。当汤姆这位装了胃瘘管的案主（第三章），在面对某个具体的危险时（被惹火的医生将发现汤姆犯错），他的胃便不再活动了，而他的心理与生理状态，就像被动员起来要逃跑一样。这显然是恐惧。但是当汤姆晚上躺在床上睡不着，为了不知道自己还能在医院工作多久而烦恼时，他的神经生理反应就正好相反：胃部活动加速，交感神经活动（“逃亡”）降到最低。这是焦虑。两种反应的差别如下：恐惧中的汤姆知道自己害怕什么，因此可以从某个方向做具体的调整——也就是逃跑。尽管焦虑下的紧张，显然是由某种具体的危险引起的，但是威胁却引发了汤姆的内在冲突：他要自食其力？或是仰赖政府的失业救济？恐惧被医生发现而事迹败露，这件事会让人不舒服，但不至于变成灾难。但是出现在第二种情况的威胁，却指向汤姆的人格存在中所认定的自尊价值。我们在此强调的重点，不仅在于恐惧与焦虑的反应大不相同，更重要的是，恐惧与焦虑对人格造成的威胁层次也不一样。
在孩童恐惧的研究中发现，恐惧有极大比例是“非理性的”质素，也就是和孩子实际的不幸遭遇没有直接的关联，这点具有高度意义。此外，这些研究另有重要的资料显示，孩童的恐惧是“游移不定”和“不可测的”。这两项研究资料都指出，在所谓的恐惧之下潜藏着某种情感的成分。事实上，“非理性恐惧”一词严格来说，本身便是矛盾的；如果恐惧不是逃离经验中习得的痛苦或危险，那么当事人对威胁所做的反应，必然牵涉到其他层次的问题。
我们或许可以反驳说，“非理性恐惧”一语本身并不矛盾，因为弗洛伊德等人就论及“神经性恐惧”的概念，亦即恐惧与真实的处境大幅脱节。但是弗洛伊德引述了多种恐慌症作为神经性恐惧的例证，而恐慌症的定义就是局限于某个对象上的焦虑形式。我认为，是神经性恐惧下的焦虑，使得恐惧具有不切实际和“非理性”的特质。针对恐惧的研究指出，在具体的恐惧之下，存在着更为基础的反应过程。
现在我们可以来解决焦虑与恐惧间之关系的问题了。当有机体的存在与价值受到威胁时，他所具备的一般和原初反应形式，就是焦虑。随后当有机体逐步成熟，能够在神经与心理层次分辨出具体的危险对象时，防卫的反应也才能相对变得具体；这种针对特定危险分化出来的反应，便是恐惧。因此，焦虑是基础的、潜藏的反应——它是个概称；而恐惧则是同样一种能力的表达，只是以具体客观的形式呈现出来罢了。此一焦虑与恐惧的关系，不仅适用于这些情感的正常形式，也适用于它们的神经性形式。神经性恐惧是潜在神经性焦虑分化后在具体和客观层面的表现。换言之，神经性恐惧与神经性焦虑之间的关系，就如同正常恐惧与正常焦虑之间的关系。我相信焦虑是“基础的”，而不是“衍生的”。如果说两者中有一项情绪是衍生的，那就是恐惧，而不是焦虑。不论如何，我认为，把焦虑研究置放在恐惧研究范畴下的习惯做法，或是试图透过恐惧研究来解读焦虑，都是不合逻辑的。要了解恐惧，就必须优先了解焦虑的问题。
我们说焦虑是“基础的”问题，不只因为它是回应威胁的一般和原初形式，也因为它是在人格的基础层次上回应威胁。它是针对人格“核心”或“本质”威胁的回应，而不是对周边危险威胁的回应。因此，恐惧是在威胁尚未抵达这个基础层次前，就做出的回应。个人对许多威胁他的具体危险适切地回应（也就是在恐惧的层次上做出适切的反应），以避免他的基础价值和安全系统的“内部堡垒”遭受威胁。葛斯汀把恐惧界定为“害怕焦虑现身”，正是此意。
然而，如果我们无法因应具体形式的危险，那么个人较为深层的人格“核心”或“本质”，便会受到威胁。用军事术语来类比的话，前线各个阵地的战事代表的是具体的威胁；只要战事局限于外围地区，只要危险能够被阻却于外部防御工事之外，那么核心地区便不致受到威胁。但是当敌人突破防线进入首都，当内圈防线的连系被打散，而且战事烽火连天地四处蔓延时；换言之，当敌人由四面八方围攻过来时，防守士兵不知道该往哪个方向前进，或该守住哪个阵地时，我们便要面对全军覆没的威胁，同时也必然会连带出现惊慌失措的行为。后者可以被类比为基础价值或人格“内部堡垒”的威胁；以个体心理学的术语来说，那是被当做焦虑来回应的威胁。
因此，我们可以把恐惧比喻成对抗焦虑的盔甲。小罗斯福总统以及多位历史先贤所说的“恐惧的恐惧”（fear of fear），指的就是我们因为无法克服危险所产生的不安，我们并因而被拋入灾难的处境。因此，所谓“恐惧的恐惧”，其真正的意思就是焦虑。
