“突变”一词会让人们联想起一些怪异生物的图像，也许出自某些肆无忌惮的实验，也许是作为某个放射性灾难的结果大批涌现，但真相多少有些不同。我们每个人都是突变体。我们从父母那里继承的DNA包含了一些新的变化，而当他们从他们的父母那里继承这些DNA的时候是没有这些变化的，这些新变化就是突变。幸亏有这些突变提供原材料，而后经过自然选择成千上万年的雕琢，才生成了旅途中这些朝圣者的身体。我们每个人继承了多少新突变？这正是《黑猩猩的故事》所讲述的主题。我们对它有特别的兴趣，因为我们要用这个“突变率”（mutation rate）来校准人类进化的时间尺度。
突变有许多种，也各有不同的突变率。在这个故事里，我们只关心单字母突变，这类突变大都来自DNA复制过程中的错误。平均而言，每复制多少个DNA字母会出现一个未被纠正的错别字？我们没有确切的答案，但是生物化学的研究观察可以告诉我们它的范围，大概每复制10亿到1 000亿个字母会出现一个错误。问题在于这个错误率是变动的，而且这样小的一个数值实际上很难准确测量，因为这要求我们考察海量的复制事件。
我们还有别的选择。一个可能的办法是，只关注一小段DNA经历几千万次复制之后积累的变化情况。当我们比对人类和黑猩猩的同一个基因时，这正是我们间接在做的事。另一个可能的办法是，我们可以关注同一个基因在几千万个个体中的差异，比如有一份研究统计了美国所有新出现的血友病突变。最后，利用现代DNA测序技术，我们可以对一个孩子基因组中的60亿个DNA字母进行测序，把它跟孩子父母的DNA序列进行比较，从而直接统计出我们传递给后代的突变数目。这种直接的方法正在动摇原先测定的年代，使人类进化史上一些节点的年头加倍。要理解这一点需要明白一些背后的细节。
在进入分子时代之前，化石证据使人们把黑猩猩祖先和人类祖先的分歧点定在超过1 500万年之前。1967年，来自伯克利的文森特·萨里奇（Vincent Sarich）和艾伦·威尔逊（Allan Wilson）发表了一篇如今非常著名的论文来挑战这一年代，声称分子层面的相似性支持更近的年代，即500万年前。萨里奇和威尔逊当时并不能直接测序解读DNA，他们甚至没有使用基因编码的蛋白质序列，而是采用了一种间接指标，即抗体识别特定蛋白的反应强度，他们用的是血液中的白蛋白。任何拥有免疫系统的动物都可以用于这样的研究，他们选的是家兔。这是一个巧妙的技术。先给家兔注射比方说人类的白蛋白，然后收集它们体内的抗体。这些抗人蛋白的抗体当然会跟人的白蛋白有强烈的抗原抗体反应，但同时也会跟黑猩猩、大猩猩和猴子的白蛋白有更弱一些的反应。反应的强度就可以被用来衡量不同物种间白蛋白的相似性。
1. 发生了一件非常特别的事……
这幅公牛图出自法国多尔多涅省的拉斯科洞窟。这些被发现于1940年的岩画有超过16 000年的历史，它们展现出创作者对动物形体和运动的深刻理解，以及一种良好的艺术感觉。目前并不清楚这些图画的创作目的。
2. 他们牵着手吗？
这些距今360万年的人类祖先足迹位于坦桑尼亚的拉托里，由玛丽·利基于1978年发现。这些脚印印在火山灰上，后来变成了化石，它们一直向前延伸了大概70米，很可能是由南方古猿阿法种留下的。
3. 能留下化石真是一件幸事！
来自澄江化石群的一种蠕虫（Palaeoscolex sinensis）的化石，细致地呈现了其柔软躯体的结构细节。澄江化石群可以追溯到早寒武世，距今大约5.25亿年。
4. 生命的希望
乍得沙赫人头骨，昵称“托迈”，由米歇尔·布吕内和同事在2001年发现于乍得的萨赫尔地区。
5. 3号共祖
3号共祖的复原图。这是一种大型四足猿，它可能大部分时间都在树上生活。就像所有大型猿一样，它应该具有相当的智力。
6. 8号共祖
8号共祖是一种体形与猫相似的夜行灵长类动物，很可能也在白天活动。它应该是凭借朝前的眼睛和善于抓握的手脚在树枝上觅食的。
7. 如果火星人来到马达加斯加，他会觉得自己像是回到家乡了吗？
马达加斯加岛穆龙达瓦市的面包树大道。这种面包树（Adansonia grandidieri）是马达加斯加特有的6种面包树之一。
