不设专署，附载内阁之后。
然而，军机处尽管人员精炼、办事效率很高，但成立后很长一段时期，都处于临时性机构的状态，并没被列入朝廷的正式衙门。
在乾隆三十二年（1767年）所修《清朝通典》中，三通馆臣曾这样解释说：“军机为机务地，不设专署，附载内阁之后。”
这一解释不无道理。不过，还有一些因素值得关注。
雍正九年（1731年）二月，雍正帝在一道上谕中说：“于征剿准噶尔之举，悉心密筹于数年之前，一丝一粟，皆用公帑，而民间并不知国家将有军旅之事。”
同年四月，雍正帝又在另一道上谕中强调：四年（1726年）时，为应对厄鲁特蒙古准噶尔部首领策妄阿拉布坦、噶尔丹策凌父子与朝廷的敌对状态，曾定议由怡亲王允祥等办理北路军需、大将军岳钟琪办理西路军需。因事属机密，办理了几年，内外臣民并不知晓国家将有用兵之举。直到雍正七年（1729年）大军将发，因不得不动用民力，秘密筹办之事才浮出水面。
张廷玉像
起初，为办理用兵军需事宜，在户部专门设立一临时办事机构“军需房”，以怡亲王允祥、大学士张廷玉、户部尚书蒋廷锡为总管，司官瓮藻负责具体工作。后来，随着形势变化、前线战事吃紧，办公地点移到紫禁城内乾清门西侧，机构名称也改为“办理军机事务处”，简称军机处。
关于军机处设立的具体时间，学术界一直存在不同观点，主要有雍正四年、七年、八年、十年等说法。目前雍正四年、十年两说已被排除，而七年、八年两说仍在争论之中。之所以出现分歧，除因清代官私记载存在差异外，还由于学者们对军需房、军机房、军机处等称谓，以及它们之间的关系看法不一。
一般认为，军机处是由军需房、军机房演变来的。但也有学者持相反意见，如赵志强研究员在《清代中央决策机制研究》一书中认为：“在满文档案中，办理军机事务处、军机处的称谓，从雍正九年一直使用到清末，其间没有任何变化”，“军机处称谓的混乱，其实只是汉语名称的混乱”，“军机处名称‘演变说’是很难成立的”。
尽管军机处成立的具体时间和称谓仍有疑问待解，但这一机构在协助雍正帝处理军机大政方面所发挥的重要作用，则是显然的。
