多尔衮武力摧毁大顺政权。
然而，放眼当时全国形势，新诞生的清王朝需要面对的局面，实在很不容乐观。
尽管清军已经控制了辽东、畿辅、山西大同、山东德州等地区，但是，李自成的大顺政权，依然拥有整个西北，以及山西、河南、湖广的部分地区；张献忠的大西军，正处于收取四川的过程中；明王朝虽然崩塌，宗室势力却仍然统治着南部广大地区，并建立起弘光等南明政权。
如何应对如此严峻的局势，成为清朝统治核心权力层的头等大事。
小皇帝福临自然难以担此重任，于是考验再次落在实际执政者——摄政王多尔衮身上。
南明抗清铁炮
清代武官盔甲，内蒙古博物馆藏。
多尔衮，这位指挥八旗铁骑杀进关内，并把李自成赶出北京城的关键人物，确实具有很强的军事、政治才能。入关之初，他就曾采取一系列举措，如为崇祯皇帝发丧、起用明朝旧官、清除明朝弊政苛政等，以争取人心。此时，面对危机重重的考验，他审时度势，果断做出对农民军、南明政权等抗清力量展开猛烈攻势的决定，以进一步扩大对全国的统治。
史可法像。明末抗清名将、民族英雄。清军攻陷北京城后，拥立明福王（弘光帝），继续与清军作战。南明弘光元年（1645年），清军攻破扬州城后，多尔衮劝降，拒降遇害。
顾炎武像。明末清初杰出思想家、经学家、史地学家和音韵学家。清兵入关后，顾炎武投身南明朝廷，投笔从戎。南明政权覆灭后，累拒仕清。
顺治元年（1644年）十月十九日，多尔衮以顺治帝的名义，派英亲王阿济格为靖远大将军，统兵西进，平西王吴三桂、智顺王尚可喜率部从征，进攻李自成大顺军及其政权；同时，决定十月二十五日出兵江南，命豫亲王多铎为定国大将军，恭顺王孔有德、怀顺王耿仲明随征，进攻南京的福王弘光政权。
顺治像
不久，由于战事局面的变化，多尔衮接到河南巡抚罗绣锦的告急求援后，不得不调整进军策略，下令多铎所部大军改南下为西进，先救怀庆，转攻陕西，取潼关，与阿济格部形成夹击之势，会师西安，以彻底摧毁李自成军。
这一部署非常奏效，经过一番激烈较量之后，李自成大顺政权于顺治二年（1645年）四月被摧毁。紧接着，南京弘光政权、张献忠大西政权，也先后于顺治二年五月、顺治三年（1646年）十一月覆灭。此后，南明隆武、鲁王监国、绍武、永历政权，以及大顺军、大西军余部，时而各自为战，时而联起手来，继续与清廷对抗。不过，除最顽强的永历政权一直支撑到康熙元年（1662年）四月外，其他政权有的仅存在一个多月，有的也就维持了一年多。这些政权之所以不能有所作为，最大的症结就在于为争权夺利而内讧不已，彼此间为正统之名而争斗不息。
军事上的节节胜利，掌控地域的不断扩大，使清王朝逐渐获得较为稳固的统治基础。但与此同时，清廷最高统治层的矛盾，也愈演愈烈。矛盾的焦点，主要集中在多尔衮和小皇帝福临身上。
